Muratović se vraća u klub u kojem je već igrao ranije u karijeri od 2003. do 2005. godine i prelaska u Valladolid. Tri godine nakon toga, 2008. godine, prešao je u njemački Flensburg u transferu vrijednom 700.000 eura, tada najvećem u povijesti Bundeslige, najjače rukometne lige svijeta. Kasnije su još vrjedniji bili transferi Domagoja Duvnjaka u HSV i Daniela Narcissea u Kiel.
Kada je prelazio u Flensburg, Muratović je bio jedan od najboljih lijevih bekova u Europi. Nažalost, u siječnju 2009. godine, u prijateljskoj utakmici u dresu Flensburga zadobio je tešku ozljedu desnog, šuterskog ramena. Uslijedile su dvije operacije i proces oporavka, ali je procijenio da rame nije u dovoljno dobrom stanju za uspješni nastavak karijere, pa je 18 mjeseci nakon ozljede objavio kraj karijere.
Tri godine nakon toga, ipak se odlučio pokušati vratiti rukometu, te je potpisao ugovor sa Cangasom, koji je prošle sezone jedva osigurao ostanak u prvoj španjolskoj ligi.
